Die Initiative zum Wiederaufbau ging 1984 zunächst von der Traditionsgemeinschaft Potsdamer Glockenspiel (TPG) um den rechtsgerichteten Bundeswehroffizier Max Klaar aus. Diese ließ bis 1987 das Glockenspiel der Kirche auf der Kaserne in Iserlohn schrittweise nachbauen und schenkte es 1990 der Stadt Potsdam. Im September 2019 wurde es aufgrund rechtslastiger Inschriften nach 28 Jahren abgestellt.
Nach anfänglicher Ablehnung des Wiederaufbaus der Garnisonkirche griff die evangelische Kirche diese Idee im Jahr 2000 auf, als die wichtigsten politischen Entscheidungsträger*innen das Projekt bereits unterstützten. Im Jahr 2004 erfolgte der „Ruf aus Potsdam“ zum Wiederaufbau, 2008 die Gründung der kirchlichen Stiftung Garnisonkirche Potsdam. Das Versprechen der Initiator*innen, das Projekt durch Spenden zu finanzieren, ging nicht auf. Die öffentliche Hand ist mit mehr als 23 Mio. € größte Geldgeberin.