Mit dem Ende der Wehrmacht 1945 wurde die Militärgemeinde der Garnisonkirche aufgelöst. Die Zivilgemeinde gab sich in Abgrenzung zu ihrer historischen Tradition 1949 den neuen Namen „Heilig-Kreuz-Gemeinde“. Die Kirchenruine wurde gesichert und zunächst in ihrem Sockel provisorisch eine Kapelle eingerichtet, doch im Sommer 1968 wurde sie gesprengt. An ihrem Standort entstand in den Jahren 1969-1971 das Datenverarbeitungszentrum nach den Plänen des Kollektivs um den Architekten Sepp Weber, welches seit 2015 als Kunst und Kreativhaus Rechenzentrum genutzt wird.  Für die Heilig-Kreuz-Gemeinde wurde als Ersatz in der Nachbarschaft mit dem Heilig-Kreuz-Haus ein modernes Gemeindezentrum geschaffen. Von hier aus erfolgte in den kommende zwei Jahrzehnteen eine intensive und oft auch regimekritische Friedensarbeit. Zum 1.Januar 2019 verlor die Heilig-Kreuz-Gemeinde Potsdam ihre Eigenständigkeit und wurde mit der Evangelische Erlöserkirchengemeinde Potsdam fusioniert.